La historia de la moldavita está envuelta en misterio. Durante miles de años, distintas culturas la han considerado una piedra sagrada: en el Neolítico, los pueblos de Europa del Este ya la usaban como amuleto hace al menos 25.000 años. Es extremadamente escasa, y una vieja creencia popular sostiene que no es el buscador quien encuentra la piedra, sino la piedra quien elige a quien la porta.
Se le ha atribuido desde la Antigüedad un carácter místico: una gema usada por sacerdotes y sanadores como instrumento de purificación y transformación de la conciencia. Alrededor de ella circulan numerosas leyendas: algunas tradiciones esotéricas afirman que el Santo Grial estaba engastado con esta piedra y con esmeraldas, y que contenía un fragmento caído del cielo; otras la sitúan en la corona del rey Salomón o en la espada Excálibur. Son relatos de tradición oral y esotérica, sin respaldo histórico verificable, pero que forman parte del imaginario legendario que rodea a la piedra.
Lo que sí es constatable es su antigüedad como objeto arqueológico: se han hallado moldavitas en tumbas egipcias y en el entorno de las grandes pirámides, y también en yacimientos asociados a la estatua de Venus de Willendorf (Austria), de unos 29.000 años de antigüedad, lo que sitúa su uso ornamental en pleno Paleolítico Superior.
Por su origen —se trata en realidad de una tectita, vidrio natural formado por el impacto de un meteorito hace unos 15 millones de años en Europa Central, y bautizada así por el río Moldava (Vltava), en Bohemia, donde se halló por primera vez— ha sido asociada históricamente con la energía del fuego celeste, y en el Tíbet llegó a colocarse sobre la cabeza en rituales de veneración por su supuesto origen estelar. Su nombre en sánscrito, Agni mani («piedra de fuego»), refleja esa misma asociación.
Científicamente, la moldavita fue descrita por primera vez en 1787 por Josef Mayer, de la Universidad Carolina de Praga, y el término alemán Moldavit fue acuñado en 1836 por el geólogo Franz Xaver Maximilian Zippe. Desde entonces ha sido también apreciada en joyería y en coronas de la realeza europea, uniendo su historia geológica con siglos de leyenda.